대한민국의 상훈제도는 부족국가시대부터 실시되었다고 볼 수 있다. 삼국시대에는 국난공신(國難功臣) 등에 대하여 식읍과 관직을 수여하였고, 특히 신라의 상사서(賞賜署)는 통일공로자 등에게 논공행상(論功行賞)을 실시하였다. 고려시대에는 고공사(考功司)에서, 조선시대에는 공신도감(功臣都鑑)에서 개국공신과 국난공신 등에게 논공행상(論功行賞)을 실시하였다.
근대적 상훈제도는 국호를 대한제국으로 바꾸었던 구한말 광무 4년(서기 1900년) 4월 17일, 칙령(勅令) 제13호로 훈장조례를 제정·공포하고, 금척대훈장(金尺大勳章) 등 4종의 훈장을 두고 운영하면서 시작되었다.
그러나 구한말의 근대적 상훈제도는 1910년 한일병합조약으로 인하여 완전히 폐지되었다. 당시 상훈제도를 운영하는 정부기구로서는 표훈원(表勳院)이 있었으며, 의정관회의의 심의를 거치도록 하였다.
1948년 8월 15일 대한민국정부가 수립되고 그 이듬해인 1949년 4월 27일 처음으로 건국공로훈장령이 제정·공포되면서 새로운 상훈제도가 시작되였다.
이후 무궁화대훈장령 등 9개의 각종 훈장령을 제정·공포하였고, 1963년 12월 14일 새로운 상훈법을 제정하여 각 개별법령으로 운영해 오던 각종 훈장령을 통합하여 단일법령으로 개편하였다. 그 후 수차례에 걸친 상훈제도의 정비와 보완을 거쳐 각종 훈장 및 포장의 종류·명칭을 사회 각 분야별로 일목요연하게 구분함으로써 오늘날과 같은 상훈제도를 갖추게 되었다.